გიმნაზია-პანსიონის მისიაა: ქრისტიანულ მართლმადიდებლურ სარწმუნოებაზე დაყრდნობით, ეროვნული და ზოგადსაკაცობრიო ღირებულებების მატარებელი, თავისუფალი, განათლებული და გონიერი ახალგაზრდების აღზრდა.
წმ. მატათა მოციქულის სახელობის გიმნაზია-პანსიონის მიზანია, აღზარდოს აქტუალურად მოაზროვნე, ცოდნაზე ორიენტირებული, პასუხისმგებლობით აღსავსე, ესთეტიკურად განვითარებული, ტოლერანტი, შემოქმედი, ინფორმირებული და ამ ინფორმაციის ადეკვატურად გამოყენების უნარის მქონე, ბუნებრივი გარემოს დამცველი, კანონმორჩილი, კონკურენტუნარიანი, საკუთარი შესაძლებლობების მუდმივად განვითარების შემძლე, ჩვენი ქვეყნის ინტერესების დამცველი, პატრიოტიზმის, პატიოსნების, სათნოების, სიკეთის და სხვა სულიერი ღირებულებების მატარებელი პიროვნება. შეძლოს, დახმარება აღმოუჩინოს მცირეწლოვანი და მოზარდი თაობის იმ ნაწილს, რომლებიც მოკლებულნი არიან მშობელთა მზრუნველობას, მარტოხელა დედათა და სოციალურად შეჭირვებულ ოჯახთა შვილებს. ყოველი ამ უნარ-ჩვევების გამომუშავება მოსწავლეს დაეხმარება, თავისი ცოდნის მაქსიმალურად გამოყენებაში, მომავალი პროფესიის არჩევასა და საერთაშორისო საგანმანათლებლო ასპარეზზე ინტეგრირებაში.